28 metų plaukiką pastaraisiais metais kamavo peties traumos, o sugrįžti į buvusį lygį buvo sudėtinga.
2011 ir 2013 metais pasaulio pirmenybėse, atitinkamai Šanchajuje ir Barselonoje, jis laimėjo 100 m laisvuoju stiliumi – prestižinę plaukimo rungtį.
Tarp šių apdovanojimų būta skandalų – J.Magnussenas buvo tarp šešių Australijos plaukikų, kurie vartojo draudžiamus migdančiuosius vaistus, ir tarp kelių, kurie naktį veržėsi į Australijos rinktinės plaukikių kambarius viešbutyje.
2012 metais Londono olimpinėse žaidynėse J.Magnussenas iškovojo sidabrą, 0,01 sek. nusileidęs auksą išplėšusiam amerikiečiui Nathanui Adrianui.
Po peties operacijos 2015 metais jis varžėsi Rio de Žaneiro olimpinėse žaidynėse 2016 metais ir su Australijos komanda laimėjo bronzą estafetės laisvuoju stiliumi varžybose.
„Būdamas 28-erių, dar jaučiu, kad galėčiau plaukti kitose olimpinėse žaidynėse, – sakė australas. – Tačiau dėl aukštų tikslų ir vilčių, kuriuos sau visada keldavau, tikiu, kad atėjo tinkamas laikas pasitraukti.“
