Koronavirusas Lietuvoje pirmą kartą diagnozuotas 2020 metų vasario 28-osios naktį. Nuo tada Lietuvoje naujojo koronaviruso COVID-19 atvejų sparčiai daugėjo.
Dėl pandemijos šalyje nuo vasario 26 d. paskelbta ekstremalioji situacija, o kovo 16 d. dviem savaitėms įvestas karantinas, kuris tesėsi iki birželio 17 d. Vasaros metu epidemiologinė situacija šalyje buvo rami, tačiau rudenį šalyje prasidėjus antrajai pandemijos bangai lapkričio 4 d. vėl buvo įvestas visuotinis karantinas, kuris tesėsi iki liepos 1 d. 2020 m. gruodžio 27 d. pradėtas Lietuvos gyventojų skiepijimas nuo COVID-19 ligos.
Už pandemijos valdymą atsakingu paskirtas Operacijų vadovas, kuriuo buvo Sveikatos apsaugos ministrai Aurelijus Veryga ir Arūnas Dulkys (paeiliui).
Už pandemijos statistikos rinkimą ir skelbimą pandemijos pradžioje buvo atsakingas Nacionalinis visuomenės sveikatos centras (NVSC), tačiau netrukus (nuo 2020 m. galo) šią funkciją perėmė Lietuvos statistikos departamentas (LSD).