Karinės jūrų pajėgos – Lietuvos kariuomenės dalis, užtikrinanti saugumą Lietuvos teritoriniuose vandenyse. Lietuvai įstojus į NATO, karinės jūrų pajėgos specializuojasi minų paieškoje ir nukenksminime.
Karinių jūrų pajėgų personalą sudaro per 600 karininkų, puskarininkių, žemesnės grandies karių ir civilių darbuotojų.