Šv. Jono bažnyčia Klaipėdoje pastatyta dar XIII-ame amžiuje. Kelis kartus perstatyta. Po 1854-ųjų gaisro miestelėnų pastangomis atstatyta. Tapo miesto panoramos puošmena. Neogotikinio stiliaus bažnyčią puošė 75 metrų aukščio bokštas. Tai tuo metu buvo aukščiausias visuomeninis pastatas, tarnavęs ir kaip navigacinis statinys į uostą įplaukiantiems laivams.
Antrajam pasauliniam karui baigiantis buvo galutinai nugriauta. Iniciatyva atstatyti bažnyčią telkėsi kelis dešimtmečius. 2012-aisiais atidengtas kertinis akmuo su laišku ateities kartoms. 2020-aisiais bažnyčios atstatymo projektas pripažintas valstybei svarbiu ir prasidėjo realūs darbai. Bažnyčią atstatyti siekiama iki 2028-ųjų.