Žarnyno mikroflora – žmogaus ar gyvūno žarnyne gyvenantys mikroorganizmai. Šeimininką ir šiuos mikroorganizmus sieja abipusiai naudingi ryšiai (simbiozė). Mikroorganizmai turi palankią terpę daugintis, o šeimininkas gauna naudos iš neįsisavintų medžiagų fermentacijos, naudingi mikroorganizmai konkuruoja su nepageidaujamais mikroorganizmais ir slopina jų augimą, vyksta vitaminų sintezė, kt. Kartais, kai sutrinka šeimininko imunitetas arba pakinta normali mikrofloros sudėtis, žarnyne esantys mikroorganizmai gali sukelti ligą.
