Teisėsauga dažniausiai būna linkusi nutylėti metodus, kurie yra taikomi sekant įtariamuosius. Tačiau teismų dokumentai ir pokalbiai su buvusiais pareigūnais leidžia suprasti, kad siekdama neatsilikti nuo nusikaltėlių FTB taip pat imasi kraštutinių priemonių bei pasinaudoja jų metodais.
Su FTB programomis susipažinę asmenys nurodo, kad teismų vis dažniau prašoma leisti naudoti programišių įrankius, mat įtariamieji neretai naudoja naujas technologijas, tokias kaip interneto pokalbių tarnybos ar informacijos šifravimas. Patys agentai tai vadina „šešėliu“.
Pavyzdžiui, FTB platina kompiuterių ir išmaniųjų telefonų virusus – kartais juos sukuria organizacijos nusamdyti programišiai, kartais jie perkami iš privataus sektoriaus. Patekę į reikiamą įrenginį virusai leidžia nuotoliniu būdų aktyvuoti mikrofonus ir slapta klausytis įtariamųjų.
Kartais šie virusai įdiegiami nuotoliniu būdu (pvz., siunčiant el. laiškus su kenkėjiškomis nuorodomis), o kartais agentai gauna fizinę prieigą prie kompiuterių ir įdiegia juose virusus naudodami USB atmintinę.
Dažniausiai tokios priemonės naudojamos atliekant tyrimus, susijusius su organizuotu nusikalstamumu, vaikų pornografija ir terorizmu. Prieš kitus programišius tokios priemonės nėra naudojamos baiminantis, kad įtariamasis gali atrasti ir paviešinti naudojamas technologijas bei sukurti apsaugos priemones.
Programišių metodus FTB naudoja daugiau nei dešimtmetį, tačiau informacija apie tai retai pasiekia viešumą, nes agentūra vengia šnekėti šia tema. Visgi kartais išvengti viešumo nepavyksta.
Štai anksčiau šįmet agentai kreipėsi į teismą prašydami leisti prieš Teksaso tapatybės vagį panaudoti programinę įrangą, kuri rinktų dokumentus ir slapta darytų nuotraukas kompiuterio kamera. Tačiau teisėjas atmetė prašymą nurodydamas, kad jam reikia gauti daugiau informacijos, kaip iš surinktų duomenų būtų pašalinta informacija apie pašalinius asmenis (t.y. ne įtariamuosius).
Nuo 2005 metų FTB naudoja interneto kirminus, kurie renka informaciją apie kompiuterių interneto adresus bei gali pateikti juose naudojamų programų sąrašus. Šis įrankis 2007 metais padėjo atsekti asmenį, kuris el. paštu platino grasinimus Vašingtono valstijoje susprogdinti bombą.
Buvęs FTB kibernetinių nusikaltimų padalinio darbuotojas teigė: „Agentūra samdo žmones, turinčius programišių įgūdžių, ir jie perka įrankius, kurie gali tokius dalykus atlikti.“ Anot jo, šie įrankiai naudojami, kai kiti žvalgybos metodai nepadeda. „Tai daroma tais atvejais, kai neturi jokio kito pasirinkimo“, – pridūrė jis.
