Projektuojant naująjį mokyklos tūrį nepavyko išsaugoti visų čia augančių medžių. Saugant medžius vertinta ir galimybė „patraukti“ pastatą arčiau šlaito, bet to neleido tinklų apsaugos zona. Nors kai kurie pastato išorėje, sklypo pakraštyje, liekantys medžiai pagal projektą atrodo netrukdantys naujam pastatui, specialistai pažymėjo tai, kad būsimą pamatų vietą siekia jų šaknys, apkarpyti tektų ir jų lajas, kas reiškia, jog medžiai ilgainiui žūtų. Pašalinti teks devynis beržus, tris pušis ir vieną kaštoną. Vidiniame mokyklos kieme bus išsaugoti visi medžiai.
Projekto vystytojas, įmonė „Vilniaus vystymo kompanija“ įpareigota vietoj pašalintųjų medžių pasodinti tiek naujų, kad bendras kamienų skersmuo iš karto būtų dvigubai didesnis nei iškirstųjų. Išsirinkti vietą šiems medžiams bus siūloma vietos bendruomenei.
Tokio pat ar bent jau lygiaverčio kompensavimo savivaldybė tikisi ir iš kitų nekilnojamojo turto plėtotojų, kuriems savo sklypuose nepavyksta išsaugoti esamų vertingų medžių.
J.Lelevelio gimnazijos priestato statybą planuojama baigti iki 2022 m. vasario.