Daugumoje kaimo mokyklų iki 50 procentų mokinių yra iš socialiai remtinų ar socialinės rizikos šeimų. Menka mokinių motyvacija, nes šeimose girtaujantys tėvai ne tik kad neprižiūri savo vaikų, bet pastarieji dažnai į mokyklą ateina neturėdami minimalių socialinių įgūdžių.
Esant nepilnam darbo krūviui, kaimo mokyklos susiduria su mokytojų dalykininkų trūkumu.
Kita problema – specialistų trūkumas. Kaimo mokyklos negali konkuruoti su didžiosiomis miesto mokyklomis pagal mokinių skaičių, todėl kaimo mokyklose dažnai yra tik po 1 klasių komplektą. Tai sąlygoja mažesnius mokytojų darbo krūvius. Esant nepilnam darbo krūviui, kaimo mokyklos susiduria su mokytojų dalykininkų trūkumu. Mokytojai specialistai nenori vykti į kaimo mokyklas, nes niekas nekompensuoja kelionės išlaidų, nors įstatymai tai numato.
Dalis kaimo vyresniųjų klasių mokinių yra priversti išvykti mokytis į miesto mokyklas dėl to, kad negali mokytis pagal norimą kryptį. Pvz. 11 klasėje nesusidarius minimaliam mokinių skaičiui vieno ar kito pasirinktino dalyko, negali būti sudaromas išplėstinis ar bendrasis kursas. Mokiniai tenkinasi jungtinėmis grupėmis, kas yra nemaža problema siekiant kuo aukštesnių mokymosi rezultatų.
Mokytojų kelionės išlaidos. Mokytojai į kaimo vietovėse esančias mokyklas dažniausiai vyksta iš rajono centrų savo transporto priemone, todėl dalį atlyginimo tenka skirti degalams pirkti. Nepilnas darbo krūvis, transporto išlaidos sąlygoja priežastis, kodėl sunku rasti dėstančių mokytojų, turinčių reikiamą kvalifikaciją.
Daugumoje kaimo mokyklų iki 50 procentų mokinių yra iš socialiai remtinų ar socialinės rizikos šeimų.
Dėl nedidelio mokinių skaičiaus kaimo mokyklose dažnai esti deficitinis biudžetas. Todėl atsiranda sunkumų įgyvendinant platesnį mokinių formaliojo ir neformaliojo švietimo pasirinkimą, dažnai tenka skirti tik minimalias valandas įvairiems ugdomiesiems dalykams mokyti. Dėl lėšų trūkumo stabdomas ir mokytojų atestacijos kėlimo klausimas.
